Moin,
die direkten Links der Affiliate-Netzwerke einzuwerfen macht ja kaum noch jemand. Meistens läuft es irgendwelche Umleitungen, damit Google nicht gleich alles schnallt. Meistens sind die Urls dann ja so aufgebaut :

domain.de/keyword/anbieter-xy.php - In der Datei dann ne einfache Umleitung auf die eigentliche URL und fertig. Nun habe ich meine ganzen Links mit nem nofollow-Attribut versehen, eigentlich müsste man diese auch noch in die Robots.txt eintragen, denn was haben Redirects im Index zu suchen?

Nun habe ich aber auch gesehen, das viele Seiten das nofollow-Attribut gar nicht verwenden, was ist nun besser?

Nimm beides und gut is.