Vorteil von Subdomains ist, dass sie als eigenständige Domains gesehen werden. Es macht aber nur Sinn, auf Subdomains zu setzen, wenn sich die Themen grundlegend unterscheiden. Ist die Oberkategorie überall dieselbe, kannst du problemlos eine gewöhnliche Ordnerstruktur nehmen.
Indexierung hängt wie immer von der Verlinkung ab. Egal ob Ordner oder Subdomain, du musst zusehen, dass die neuen Seiten so oft wie nur möglich verlinkt werden. Dies beschleunigt die Sache ungemein.

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Thema: Subdomain oder Unterseite auf Root-Dir?
Thema: Subdomains hier sinnvoll?